細菌污染
細菌污染是為常見的一種污染類型，也是容易分辨和判斷的類型。細胞被細菌污染后，培養基會變得渾濁、發黃，在顯微鏡下觀察細菌形態通常呈球狀或桿狀，分布也比較均勻，有定向運動；增殖速度極快，并伴隨有大量酸性物質產生，受細菌污染的細胞鏡下觀察發現其胞質中會出現大量顆粒物，并且細胞的生長速度緩慢，形態逐漸變圓直至死亡，如若不及時處理，細胞基本會全軍覆沒。
注：在細胞生長良好的情況下如不及時更換培養基，培養基中的營養物質被細胞逐漸消耗，培養基顏色也會逐漸變黃，所以還要注意觀察細胞的生長狀況，不是所有的培養基變黃都是由細菌污染造成的。
真菌污染
常見的真菌污染主要包括念珠菌、酵母菌和霉菌污染。真菌污染時，培養基無明顯顏色變化，但會有肉眼可見的菌落形成。顯微鏡下可觀察到絲狀、管狀、樹枝狀或鏈球狀的菌絲。其中，霉菌污染比較好辨別，培養基中通常會出現絮狀物，而其他大部分真菌污染后培養基仍然是清亮的。
支原體污染
支原體污染在細胞培養中發生率較高的污染類型，比細菌、真菌污染更加難以察覺，培養基不渾濁，細胞形態變化不顯著。由于支原體是目前已知的小的原核生物，所以在顯微鏡下無法觀察到。細胞受支原體污染后，培養基無明顯變化，但細胞的生長速度會明顯減慢，細胞狀態明顯受到影響，會產生很多細小的碎片，細胞的形態也會發生變化，細胞間會出現“拉絲”現象。
黑膠蟲污染
黑膠蟲污染是比較好辨別的。通常情況下，細胞受黑膠蟲污染后經過顯微鏡觀察會發現鏡下在細胞周圍和培養基中會出現大量“小黑點”，且在不停運動，且隨著培養時間的延長，“小黑點”逐漸增多，更換培養液和PBS洗滌也無法將其清除。受黑膠蟲污染后，培養基染色一般不會發生改變，但細胞生長緩慢，有時甚至出現空泡，細胞狀態明顯變差。
細胞交叉污染
細胞間交叉污染情況通常出現在同時培養處理幾種細胞。由于使用器具和培養基混雜，或者操作失誤引起的。為避免此種污染，可以一次處理一種細胞；不可避免要同時處理多種細胞時，應做好標記，移液管和槍頭不應接觸瓶口；同時細胞早期應做好充足的凍存儲備，以備不時之需。
如何預防細胞污染
1.實驗前后均需對實驗環境進行清潔，除用消毒試劑進行擦拭外，還需用紫外燈進行照射；
2.盡量避免將外界環境中的微生物帶入實驗室，因此在進入實驗室之前，換用干凈的實驗服、鞋套、口罩、帽子。
3.提前準備好細胞實驗操作所用到的所有的實驗試劑及耗材，用酒精棉球擦拭物品表面后再將其放入超凈工作臺或生物安全柜中進行紫外燈照射；
4.細胞實驗所用到的實驗試劑和耗材好嚴格密封，盡量避免長期暴露在空氣中，且在生物安全柜或超凈工作臺中進行拆封；
5.取放細胞時，不僅要對培養瓶表面進行消毒，還需對手部、培養箱外表面進行消毒，且每次手在進出時必須消毒；
6.大部分實驗室沒有獨立的細胞房，多個課題組混用同一個細胞房。因此，在取放細胞時，還需要注意培養箱中其他細胞的培養狀態，如有異常，及時轉移細胞，以免受到污染。
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